选种与选配是黑豚鼠繁育中不可分割的两个方面，选配是选种的继续，为育种的重要手段之一。在养豚生产中，优良的种豚并不一定产生优良的后代。因为后代的优劣，不仅决定于其双亲本身的品质，而且还决定于它们的配对是否合宜。因此，要想获得理想的后代，除了必须作好选种工作外，还必须作好选配工作。选配可分为表型选配、亲缘选配和年龄选配。
一、表型选配
表型选配又称为品质选配，是根据外形性状或品质选择与配公、母豚的一种方法。它又可以分为同型选配和异型选配两种。
(一)同型选配
同型选配就是选择性状相同、性能表现一致的公、母豚配种，以期获得相似的优秀后代。选配双方愈相似，愈有可能将共同的优秀品质传给后代，也有可能把个体品质转化为群体的品质，使优秀个体数量增加。例如，为了提高豚群的生长速度，可选择生长速度快的公、母豚交配，使它们的后代保持这一优良特性。因此，这种选配方法适用于优秀公、母豚之间，或者在豚群中已有了合乎理想型种豚时使用。
(二)异型选配
异型选配可分为两种情况，一种是选择有不同优异性状的公、母豚交配，以期将两个性状结合在一起，从而获得兼有双亲不同优点的后代。例如，选择黑豚生长速度快和黑豚体型较大的公、母豚交配，从而使后代生长速度快和体型肥大，最终使后代品质提高。
另一种情况是选择同一性状优劣程度不同的公、母豚交配，即所谓以优改劣， 以优良性状纠正不良性状。例如在本品种中，有些种豚繁殖性能较好，只是生长速度较慢，即可选择一只生长速度快的公豚与其相配，使后代不仅繁殖力提高而且生长速度也较快。实践证明，这是一种可以用来改良许多性状的行之有效的选配方法。
二、年龄选配
年龄选配，就是根据公、母豚之间的年龄进行选配的一种方法。黑豚的年龄明显地影响其繁殖性能。一般地说，年轻种豚的繁殖能力较差，随着年龄的增长繁殖性能逐渐提高，0.9 岁至2 岁繁殖性能逐渐达到高峰，2.5 岁以后逐渐下降。在我国饲养管理条件下，种豚一般使用1～2 岁。所以在养豚生产实践中，通常主张壮年公豚配壮年母豚，采用这种选配方式效果较好。
三、亲缘选配
亲缘选配，就是考虑到公、母 之间是否有血缘关系的一种选配方式，如果交配的公、母双方有亲缘关系(在畜牧学上规定7代以内有血缘关系)称之为亲交，没有血缘关系的称之为非亲交。黑豚近亲交配往往带来不良的影响，如繁殖力下降、后代生活力减低等。但也有认为，近交可使黑豚繁殖力提高。育种过程中，应用近交有利于固定种豚优良性状，迅速扩大优良种豚群数量。由此可见，近交有有利的一面，也有不利的一面。在生产实践中，商品豚场和繁殖场不宜采用近交方法，尤其养 专业户更不宜采用。即使在黑 育种中 用也应加强选择，及时淘汰因近亲交配而产生的不良个体，防止近亲衰退。
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