鳗鱼对水质的要求比较高，在鳗鱼养殖过程中要重视水质的调节。放养前，绝大部分的泥塘都使用生石灰150-250公斤/亩作清塘消毒，池水30-40厘米深时消毒，可将池水ph值得高到11以上，既可清除野杂鱼类、水中昆虫，又可改良池底土质的酸性。加注水至适当水深，一般15-20天后ph值可回落至8-9之间，经过试水(用鱼作试养)，石灰毒性消失后即可放养鳗鱼，若ph值过高(石灰毒性未完全消失)便放养，会造成鳗鱼脱粘死亡。
养殖过程中要求水质控制到"嫩绿"、"清爽"。养殖水体中要有适量的蓝绿藻繁殖，藻类可起到遮荫、增氧和稳定水质的作用。有时水质清瘦、混浊或有浮游动物的大量繁殖会破坏水质，使藻类不能正常生长；有时水体中藻类很少，使得水体变得清瘦，这都会影响鳗鱼的摄食和生长，这时，可采用"引种"、施肥办法，同时用保水王(光合细菌)2-3×10-6，先在阳光下活化1-2小时，然后全池泼洒，可促进藻类的迅速繁殖。有时水体中悬浮物很多，显得很混浊，可先用高锰酸钾1×10-6处理，再用以上方法可培养藻类繁殖。另外要经常巡塘，发现池边有"水蛛"浮游动物出现时，及时使用克虫b1型，每瓶2-3亩或蛛虫煞星每瓶3-4亩，沿池边2米左右范围泼洒，并停开增氧机1-2小时，时间选择在晴天的早上或傍晚使用，这是因浮游动物繁殖迅猛时，它们2-3天可吃光水体中藻类，使水体发生"水变"。而藻类过量繁殖会使水体变得绿而浊，不清爽，甚至出现"水华"，特别夏季藻类的过量繁殖对鳗鱼的摄食生长不利，这时可采用换水的办法，达到减少藻类的目的。在没有水换的情况下，可借用药物杀死部分藻类。通常采用硫酸铜0.3×10-6在下风处藻类集中的地方多点泼洒或用"蓝博士"1×10-6，新的办法可用优马林(环保产品)0.5-0.6×10-6加病毒净0.3-0.4×10-6其效果优良，使用更安全。杀藻剂使用后，藻类死亡容易使水质变化，需注意增氧及调节水质。
