鱼塘经过修整后，可根据当地实际情况，选择以下药物进行消毒处理，以杀死野杂鱼、水生昆虫、底栖生物和各种病原体，常用消毒药物有生石灰、漂白粉、茶枯和巴豆等，以生石灰的消毒效果最好。
生石灰消毒
生石灰遇水后会产生强碱故有很强的灭菌及杀死敌害能力。在苗种放养前半月左右，选择晴天采用生石灰消毒。消毒时，鱼塘需留水7-10厘米，以便撒入的生石灰能均匀分布。生石灰用量，一般每亩60-75公斤，淤泥少的鱼塘则用50-60公斤。
【用法】先在池边周围挖若干小潭，然后将生石灰放入潭内吸水深化，不待冷却即用木锹向周围泼洒，务必使灰浆均匀泼遍全地。如果鱼塘两岸较狭能直接洒到的，可将生石灰在木桶中化浆后直接泼洒地中。待经数小时后，用长柄泥耙将塘底淤泥和石灰浆调和一下，使塘泥与石灰均匀混合，增加消毒除害的效果。排水不便的鱼塘，进行带水消毒，每亩鱼塘水深1米时，约用生石灰125-150公斤。
【特点】生石灰作用强烈并彻底，不仅可杀灭池中的野杂小鱼、蛙卵、蝌蚪、螃蟹、蚂蟥、毒苔等水生生物，而且可消灭鱼类的致病细菌、寄生虫。同时还可改良池底土质，提高土壤的肥力，增加水中的矿物元素，起到直接施肥的作用。
漂白粉消毒
漂白粉一般含氯量在30%左右，经潮湿分解放出次氯酸和碱性氯化钙。次氯酸释放出的新生态氧，有强烈的杀菌作用。
【用法】每立方米水体用漂白粉20克，将漂白粉加水溶解后，立即遍洒全池。漂白粉在空气中极易挥发和分解，须密封贮藏，隔绝空气。应贮藏于阴凉干燥的地方，以免失效。盛置漂白粉的器皿最好用陶磁缸和木制器皿，不宜用金属器皿。使用时应戴上口罩，在上风处泼洒药剂。
【特点】漂白粉效力相似于生石灰，但在肥水中药效会减低，而且消失也快，对急于使用的池塘较为适宜。
巴豆消毒
【用法】水深1米时，每亩用药3.5千克～5千克。先将巴豆捣碎浸泡，然后经水磨2次~3次，越细越好，也可先将巴豆磨碎，加3％食盐水，搅匀后盛放在坛内，密封两三天后使用。巴豆对人畜有害，操作时要站在上风处泼洒，以免中毒。
【特点】巴豆只能杀死野杂鱼，对寄生虫、细菌、水生植物均没有杀灭作用。
茶枯消毒
茶枯消毒适宜在有水时消毒。水深一米的池塘，每亩需茶枯八十至一百斤。水深十厘米左右，每亩用十五斤即可。在天气炎热的季节里使用时消毒作用较大。如果茶枯质量差，天气太冷，茶枯用量应适当增加。使用时，先将茶枯打碎，十一月前后．天气较冷，需加水浸泡二、三天。八、九月间，天气较热，只需浸泡一天即可。如果茶枯块较大或质量差，应延长浸泡时间。浸泡后的茶枯浆用瓢遍洒全池，过一小时后，害虫狂窜乱游而死亡。
采用茶枯消毒时，茶枯质量的好坏与药力大小、效果好坏关系很大，事前要认真选择。新鲜上等质量的茶枯黑中带红，有强烈的刺激味，质很脆。中等质量的茶枯，质很硬。呈褐黑色。质量很差的茶枯，表面可以看到黄白色斑块，不易打碎。
【用法】茶枯消毒，冬季可在晴天中午以前进行为宜，夏秋季可在清晨趁害鱼浮头时进行。这样，既能加速害鱼死亡，又能节约茶枯用量20—30％。茶枯还能杀死青蛙卵、蚂蟥、螺蛳、蝌蚪及部分昆虫，毒塘一星期后毒力消失，茶枯不但起毒塘作用，饼渣还能肥沃水质，增加鱼类的饵料。
【特点】茶枯次于生石灰，一般可杀死鱼、虾、昆虫，但不能杀灭水生植物如青苔、水绵，对有害的细菌和藻类反而能促进其生长。
